התיאטרון נבנה לראשונה בשנת 1792, לאחר שתיאטרון סן בנדטו, שבו הציגו אופרות רבות, נשרף. לה פניצ'ה הפך במהרה למרכז תרבותי חשוב ונחשב לאחד מבתי האופרה המובילים באירופה. במהלך המאה ה-19 וה-20 הציג התיאטרון את יצירותיהם של מלחינים מפורסמים כמו ג'וזפה ורדי וג'ואקינו רוסיני, וכך ביסס את מעמדו בתור אחד מבתי האופרה החשובים בעולם.

תיאטרון לה פניצ'ה חווה מספר שריפות הרסניות לאורך ההיסטוריה. הראשונה הייתה בשנת 1836, אך הוא נבנה מחדש במהירות בתוך כשנה. השריפה ההרסנית השנייה הייתה בשנת 1996, אז נשרף התיאטרון לחלוטין. השחזור שאחריו נמשך מספר שנים, והתיאטרון נפתח מחדש בשנת 2003. השחזור הקפדני שיחזר את התיאטרון במדויק לפי התכנון המקורי, ושמר על האלגנטיות והיוקרה של המבנה ההיסטורי.

לה פניצ'ה לא רק מציג אופרות קלאסיות, אלא גם משמש כבמה לביצוע יצירות מודרניות ואירועים תרבותיים נוספים. הוא מהווה מקום מפגש לחובבי אמנות מכל העולם וממשיך להיות סמל לתרבות האיטלקית ולתשוקה למוזיקה ולאומנויות הבמה.